有机农业是传统农业与现代科技的结晶，生产中绝对禁止使用化学物质，因此，有机农业生产方式不仅可以解决化肥、农药对土壤的侵蚀和所造成的环境污染，还可以防止有益天敌因化学农药而大量死亡，以及害虫因化学农药而产生抗性的负面影响，增加生物种群的多样化，维持生态系统的稳定性。同时有机农业还可以减少农产品有毒物质的残留，生产出健康有益的安全产品（食品），还利于保护生态环境，可以实现农业增效、农民增收，实现农业向优质、高效、安全和可持续方向发展。概括起来，有机农业对环境有如下好处：

长期可持续性：许多环境变化是长期、缓慢发生的。有机农业考虑到农业干预行动对农业生态系统的中长期影响。有机农业既生产粮食，又建立生态平衡，防止出现土壤肥力问题或虫害问题。有机农业采取积极的措施，而不是在问题发生之后才加以处理。

对土壤的好处：有机农业的核心是土壤养护方法，如轮作、间作、共生联系、覆盖作物、有机肥 和少耕制。这些方法鼓励土壤动植物生长，改善土壤形成和结构，建立更加稳定的耕作制度。反之又增加了养分和能量循环，提高了土壤保持养分和保持水的能力，弥补了矿物肥料的空缺。这样的管理技术在土壤侵蚀控制中也发挥重要作用：缩短土壤暴露于侵蚀力的时间、增加土壤生物多样性、减少养分损失、帮助保持和提高土壤生产率。作物吸收的养分通常由农场的再生资源弥补，但有时需要用外界的钾、硫、钙、镁和示踪元素补充有机土壤。

对水的好处：在许多农区，地下水受合成肥料和农药污染是一大问题。有机农业禁止使用合成肥料和农药，代之以有机肥料(如堆肥、家畜粪便、绿肥)和利用生物多样性(栽培的品种和长期植被)，改善了土壤结构和水的渗透。管理良好的有机农业保持养分的能力增强，大大减少了地下水被污染的风险。在一些污染严重的地区，政府(如法国和德国政府)大力鼓励转向有机农业，认为这是一项恢复措施。

对空气的好处：有机农业通过减少对农业化学品的需求，降低了非再生能源的使用(农业化学品的生产需要大量矿物燃料)。有机农业能够把碳截留在土壤中，帮助了减轻温室效应和全球变暖。有机农业使用的许多管理方法(如少耕制、秸杆还田、种植覆盖作物、轮作、更多地结合种植固氮豆科作物)使更多的碳返回土壤，提高生产率和有助于碳储存。

生物多样性：有机农民是各级生物多样性的保管者和使用者。在基因一级，传统和改良种子和品种因抵御病害和恶劣气候能力强而受欢迎。在品种一级，动植物的不同组合优化了农业生产的养分和能量的循环利用。在生态系统一级，有机农田保持没有化学投入物的天然环境，为野生动物创造了有利的生境。频繁使用利用不足的品种(往往为增强土壤肥力而轮种)减少了农业生物多样性的侵蚀，形成较为健康的基因库--今后适应的基础。提供食物和庇护所以及没有农药吸引了新品种或重新定殖品种来到有机农区(长期和迁移)，其中包括野生植物、动物(如鸟)和有益于有机农业的生物，如授粉者和害虫天敌。

遗传改变生物：在有机粮食生产、加工或搬运任何阶段，有机系统不允许使用遗传改变生物。由于人类尚未完全了解遗传改变生物对环境和健康的潜在影响，有机农业谨慎小心，鼓励使用天然生物多样性。因此，有机标签证明在有机产品的生产和加工过程中未有意识地使用遗传改变生物。常规产品不能保证这一点，因为大多数国家尚未要求含有遗传改变生物的食品贴有关标签。但是，由于常规农业越来越多地使用遗传改变生物和这些生物在环境中的传播方式(如通过花粉)，今后有机农业不能保证有机产品完全不含遗传改变生物。粮农组织出版物"遗传改变生物、消费者、食品安全和环境"详细探讨了遗传改变生物。

生态服务：有机农业对自然资源的影响有助于农业生态系统内部的相互作用；这些相互作用对农业生产和自然资源保护都极为重要。产生的生态服务包括土壤形成和改良、土壤稳定、废物循环利用、碳截留、养分循环利用、掠食(害虫)、授粉和生境。通过选择有机产品，消费者利用他们的购买力促进了污染较少的农业生产方式，降低了农业在环境方面隐藏的自然资源退化成本。Jules Pretty最近的出版物: "现代农业的实际成本"更加详细地探讨了其中许多问题。